Het is een bekend LaTeX-probleem. De .aux file bevat informatie voor de referenties, citaties, e.d.. Bij elke run wordt gekeken of er een .aux file is en de informatie wordt dan gelezen. Het kan gebeuren dat je om wat voor reden dan ook een "foute" latex run hebt gedaan, waardoor er onzin in de .aux file terecht is gekomen. Bij iedere volgende compilatie gaat het dan fout.

Als je een "full blown" latex document hebt moet je soms wel 4 of 5 keer compileren voordat alles goed staat. Bijvoorbeeld referenties vereisen minstens 2 keer compileren: de eerste keer om de referentielijst op te bouwen en de tweede keer om de lijst te gebruiken. Als je bibtex gebruikt moet je vaak nog een keer extra om alle citaties goed te zetten. En als je ook nog dingen gebruikt als hyperref, index, nomenclatuur, etc, dan kan het gebeuren dat je een aantal keer moet compileren.

Groeten,
Wilfred

Overigens, als de latex-run niet volledig is, wordt er ook geen nieuwe PDF gemaakt. De meeste "automatische" tools detecteren vaak niet goed of de latex-run goed is gegaan, en dergelijke tools openen de PDF altijd. Met andere woorden: als latex crasht kijk je steeds naar de __oude__ PDF als die beschikbaar is. Bijvoorbeeld MiKTeX op Windows heeft daar een handje van.